Грибное королевство настигла беда. До него добрался своеобразный прототип свиного гриппа, известный как The Blorbs disease, поразивший почти всех поданных принцессы Пич. В итоге заболевшие раздуваются, лишившись возможности передвигаться. Мало того, что у королевства свои проблемы, так ещё и заклятый враг Боузер решил засосать всех его жителей в свою утробу.
Именно так и начинается игровой процесс. Марио и Луиджи путешествуют по организму Боузера, преодолевая желудок, лёгкие и другие организмы, представленные в виде платформ. Время от времени предоставляется возможность проплыть по артериям, участвовать в мини-играх, пинать нервные окончания. В виде противников выступают представители иммунной системы и прочие бактерии. Баталии в игре представлены в традиционном классическом стиле братьев Марио. Броузер в это время также не скучает, справляясь с более серьёзными проблемами, нежели бурчание желудка.
Вы можете смело позабыть о системе развития опыта путём особых достижений в бою. Обучение новым умениям происходит благодаря участию в мини-играх. В итоге главные герои набирают способность использования особых приёмов. Как и в классических платформерах, нам предстоит бегать, прыгать, нажимать кнопки и дёргать рычаги.
Каждый из основных персонажей действует отдельно, время от времени помогая напарникам и меняясь ролями. В то время как прожорливый король действует снаружи, избивая и засасывая противников, парочка действует внутри, устраивая погром и хаос. Не менее активно участвуют в игровом процессе и враги, имеющие по два вида атаки. Здесь разработчики предоставили игроку широкое разнообразие противников, наподобие живых пеньков, кусков мяса, змей, печей и ящериц. Сначала они попадаются под горячую руку Боузера, засасывающего их в утробу, где братья Марио заканчивают дело.
В то время как создатели ролевых японских игр подбирают своим проектам красивые эпитеты а-ля «здорово, заманчиво, увлекательно», парочке удаётся развлечь игрока без всяких проблем. В сравнении с предыдущими проектами, посвящёнными итальянским братьям, в Mario and Luigi: Bowsers Inside Story стало меньше логических головоломок, однако путешествие стало задорнее и интереснее.
